Thông thường, nếu chỉ chẩn đoán dựa trên các triệu chứng lâm sàng, rất khó phân biệt bệnh đường hô hấp do virus cúm gây ra với các bệnh do các tác nhân đường hô hấp khác (do chúng có biểu hiện rất giống virus cúm). Vì vậy, lấy mẫu bệnh phẩm thích hợp và tiến hành xét nghiệm là điều cần thiết để chẩn đoán phân biệt bệnh cúm.

Loại bệnh phẩm được lấy là dịch ngoáy họng, mũi họng, dịch tiết hay rửa mũi họng. Sau đó tiến hành các phương pháp xét nghiệm chẩn đoán cúm bao gồm: nuôi cấy virus, chẩn đoán huyết thanh học (phản ứng kết hợp bổ thể và ức chế ngưng kết hồng cầu) tìm động lực kháng thể giữa hai thời kỳ khởi phát và lui bệnh, xét nghiệm nhanh phát hiện kháng nguyên, phản ứng chuỗi men RT-PCR và miễn dịch huỳnh quang. Độ nhạy và độ đặc hiệu của xét nghiệm chẩn đoán thay đổi tùy thuộc vào phòng xét nghiệm, cán bộ xét nghiệm, loại xét nghiệm sử dụng, loại bệnh phẩm, chất lượng bệnh phẩm, thời gian từ khi thu thập bệnh phẩm so với thời gian khởi phát bệnh… Giống như đối với bất kỳ một loại xét nghiệm nào, việc chẩn đoán xác định bệnh phải kết hợp với các triệu chứng lâm sàng và đặc điểm dịch tễ học